La Escuela de Ingeniería Industrial (EII) tiene sus orígenes en el Departamento de Información y Sistemas, creado en 1968 en la que en esos tiempos se denominaba División de Ingeniería y que en la actualidad corresponde a la Facultad de Ingeniería. En ese entonces se propuso este Departamento con miras a generar la infraestructura intelectual que permitiera hacer los desarrollos necesarios para atender la orientación, que se esperaba tendría la demanda regional en el área de la administración de procesos productivos y que se veía encaminada fundamentalmente al manejo de información.

Dentro del proceso de desarrollo del Departamento de Información y Sistemas, se destaca en 1970 la creación del Magíster en Ingeniería Industrial y de Sistemas, para precisamente atender las necesidades señaladas en el párrafo anterior. Ubicados igualmente en dicho departamento se crean en 1976 el Plan de Estudios de Ingeniería Industrial y en 1979 el Plan de Estudios de Estadística. El primero con un marcado énfasis en el estudio del logro de la eficiencia de los procesos productivos sin detrimento de la visión gerencial de los mismos y el segundo atendiendo un enfoque altamente aplicado y no puramente matemático, con énfasis en la investigación.

En el año de 1992, al crearse el Departamento de Ciencias de la Computación, integrado en parte por los profesores de la Sección de Informática del Departamento de Información y Sistemas, este último se reconvierte en el Departamento de Producción e Investigación de Operaciones, creado mediante la Resolución No 054 de mayo 21 de 1992 y conformado por las Secciones de Producción y de Estadística e Investigación de Operaciones. En 1999, se adscribe la Unidad de Gestión de Tecnología, que sumada a las dos secciones anteriores conforman la anterior Escuela de Ingeniería Industrial y Estadística EIIE, oficializada mediante el Acuerdo 014 de Noviembre 9 de 2000 del Consejo Superior.

En el año 2012, la Escuela de Ingeniería Industrial y Estadística se dividió en dos nuevas Escuelas adscritas a la Facultad de Ingeniería. La Escuela de Ingeniería Industrial (EII) y la Escuela de Estadística (EE).